争议满满的兄弟会
钢铁兄弟会(BOS)这个组织，在辐射历史上始终是充满争议的。从原始设定分析，钢铁兄弟会最早是核战前美军叛军组成的组织。而哗变的原因则是反对美军用中国战俘进行非人道实验。从这一角度看，兄弟会的出发点就是正义的。因此也不难理解，后来兄弟会的信条变成了收集废土上残存的科技，以防止科技再次落入坏人手里，对人类造成更大的威胁。
本作的兄弟会实际上是辐射3中的东部兄弟会，由于里昂斯长老去世，麦克森接任了长老职位(十年前辐射3里的麦克森还只是个小男孩)。麦克森接管东部兄弟会后，重新调整了工作目标，将重心再次转移到了收集核战前的科技上。
实际上，兄弟会在200年的演化中，慢慢走向了教条主义，本作的兄弟会最为明显。在之前的一些作品中，一些兄弟会分部，特别是中部兄弟会并不排斥和平的超级变种人和尸鬼，甚至招收变种人成员。之前，东部兄弟会始终致力于与首都废土的超级变种人作战，保护废土居民。本作中工作重心虽然改变，但是仍然可以经常看到兄弟会巡逻队在废土上与掠夺者和超级变种人作战。从这一角度来看，本作的兄弟会仍然在保护废土居民。
但是另一方面，本作的兄弟会坚持要消灭废土上所有的合成人，认为合成人对人类存在严重威胁，必须彻底消灭。这一论点并没有得到证明，实际上只是兄弟会自己的想法。也正因为如此，兄弟会不可能容忍一直向废土上放出合成人的铁路组织。
废土上的自由斗士铁路
国内玩家对铁路组织几乎一致给出了负面的评价，但是其实仔细调查，铁路组织在游戏中几乎没有任何黑点——或许圣母心太强了也算个黑点
从名字就可以知道，铁路组织是在向美国历史上致力于解放黑奴的组织“地下铁路”致敬。而对于学院利用合成人的态度，游戏中始终都有一个预设观点：学院利用合成人等同于奴隶制。这一点在辐射3中就有体现了。只要认同这一观点，我们就会发现事实上，铁路一直和历史上的地下铁路做着相同的事——从奴隶主的手中解救受压迫的奴隶。
很多人对铁路存在误解，认为用合成人替换废土居民是铁路所为。实际上并非如此。铁路一直在将合成人送到联邦外，用合成人替换废土居民是学院的行为。而钻石城合成人发疯事件也与铁路无关。
但实际上，铁路对合成人的态度也有待商榷。铁路对合成人的处理方式很简单：洗脑。洗脑后的合成人并不知道自己的真实身份，也因此造成了一些问题，比如洗脑过程中产生失误导致合成人变成植物人。实际上，铁路的这种行为带来了一个潜在问题：人们不知道自己究竟是不是合成人。
另外，由于合成人各项能力几乎都超过普通人类，这样向废土扩散合成人，是否会带来更多的问题?自由之地的合成人掠夺者首领虽然只是个例，但是作为合成人掠夺者，他的能力要比普通人类掠夺者更强，造成的威胁也就更大。因此虽然铁路组织的出发点是浪漫而善良的，但是结果却不如想象的那么浪漫和美好。
两级分化的学院
两级分化指的并不是学院内部，而是玩家对学院的评价是两极化的：喜欢的特别支持，反对的极度反感。
但是革命导师马克思和恩格斯告诉我们，要辩证的看待问题对于学院，不能光看某一行为就对其下定论，而是要从头分析学院。
最早，学院其实还是想要和废土居民和平相处的。在大学角的废土居民就和学院进行过交流。使学院和废土居民决裂的事件有两个，一个是钻石城合成人杀人事件，另一个是联邦会议合成人杀人事件。
钻石城合成人杀人事件，在尚恩的房间里有个卡带记载了，是前任学院领导人的。简单的说就是学院的第三代合成人原型出了故障，领导人甩锅给下属。但是这件事直接导致了学院和废土人的关系紧张。
后来联邦会议上，学院派出合成人杀光了所有代表，可以认为是学院不希望看到联邦统一，认为统一的联邦对自己存在威胁。
总体而言，学院就类似前作的英克雷认为废土上只有自己是人类希望，废土人根本不是人。而学院又没有英克雷那么强的实力，不能杀光所有废土人。学院一直在派出合成人杀死废土居民后替换真人，渥维克农庄就是典型。亲爱的尚恩还下令直接绑架废土居民进行人体实验。大学角的居民仅仅是因为拒绝交出人和根本没有完成的设备就被屠杀学院的黑点实在太多，也不需要一一列举了。
至于老冰棍成为学院领导人之后能否让学院和废土居民和平共处呢?这一点就见仁见智了。
人民军队民兵
对美国历史稍有了解的人，都清楚“Minute Man”在美国历史上的重要地位。《辐射4》中的民兵，最初只是为了“保护家人和邻居”而组织起来的民兵，又从盛极一时的强大势力转而消亡。到了老冰棍离开111避难所的时候，民兵已经仅剩小黑一人了。
民兵的消亡不是没有原因的。旧的民兵随着时间的推移，慢慢的背弃了最初的目标——保护“家人和邻居”，即废土上所有的人民。昆西大屠杀的事情大家应该都清楚，碉堡山的居民对民兵也是没有丝毫好感。旧的民兵脱离了人民，不再是人民军队，因此也就不可避免的走向了消亡。
我一直坚持认为，辐射4的正确玩法应该解锁并建设好每一个据点，让废土居民能够有一个安全的生活环境，这才是真正的完美结局。虽然很难，但是走在废土上，随时都能够看到民兵的检查站和巡逻队对你说“我会守住这里，将军”，还是让人很有成就感的
